Uno de los beneficios del ejercicio es la mejora de los niveles de colesterol. El colesterol HDL es conocido como colesterol bueno y tener niveles altos de HDL es beneficioso. Muchas personas pueden mejorar sus niveles de HDL con el ejercicio.
La investigación ha mostrado que el ejercicio estimula enzimas que ayudan a mover el colesterol malo de la sangre al hígado, permitiendo que éste sea excretado con la bilis. También se ha estipulado que el ejercicio incrementa el tamaño de las partículas proteicas que transportan el colesterol a través de la sangre, reduciendo la posibilidad de que las partículas pequeñas obstruyan las arterias.
Las personas con determinadas variantes genéticas tendrán buenos resultados aumentando sus niveles de colesterol bueno al practicar ejercicio, mientras que los portadores de otras variantes genéticas son menos susceptibles a bajar sus niveles de colesterol malo solo con el ejercicio.